El clima en la provincia de Santa Elena es seco y árido, esto se debe por la influencia de la corriente fría de Humboldt o también llamada corriente de Perú, la cual viaja de sur a norte desde el tercio superior de Chile hasta los límites entre Perú y Ecuador.
Se ha dividido a la provincia en tres zonas climáticas diferentes: Clima tropical húmedo, propio de la cordillera Chongón-Colonche desde donde nacen la mayoría de los sistemas hidrográficos de la parte nor-oriental de la provincia, incluidos los de la cuenca del río Manglaralto. Clima tropical seco, ubicado en la franja costera, y clima tropical de sabana, que cubre la mayor parte de la provincia incluyendo las partes bajas y los valles y donde predominan los ciclos secos y las precipitaciones ocurren en los meses de febrero y marzo.
Además, presenta una vegetación típica de plantas que sobreviven a periodos de sequía. (GADM, 2014)
En la parroquia Manglaralto las temperaturas medias anuales son de aproximadamente 24°C, las máximas rara vez superan 32°C y las mínimas son del orden de 16°C.
PRECIPITACIONES
La provincia de Santa Elena registra mayores precipitaciones (pluviosidad) entre los meses de enero y febrero, entre 25,7 y 54,6 mm (milímetros) de agua, disminuyendo en marzo y abril, llegando al mínimo de 0,1 y 0,2 mm, en junio y septiembre.
Retrocediendo un poco en la historia de la provincia de Santa Elena, las precipitaciones más intensas se registraron en el año 1998 cuando se presentó el fenómeno de El Niño, luego en el año 2017, ocurrieron precipitaciones muy fuertes que aislaron comunidades de la zona norte e incluso se reactivaron varios ríos secos.
En febrero del 2020, intensas lluvias anegaron vías de acceso e inundaron algunas zonas de las comunas Manglaralto, Valdivia, San Pedro y Libertador Bolívar y otras de la Parroquia Colonche, por lo cual las autoridades activaron el Comité de Operaciones de Emergencia (COE) provincial, para analizar la situación e implementar acciones y superar las afectaciones.
Ante esta situación es importante que la parroquia Manglaralto planifique estrategias para prevenir y mitigar los efectos que ocasiona el fenómeno de El Niño, aliado a la Secretaría de Gestión de Riesgos y a los GAD´s de la Provincia y Cantón Santa.